京菓子資料館は、京菓子と京のおもてなし文化を体験することができる施設。敷地の間口の狭さを活かした京都らしい建物は、1階に茶室、2階に展示室がある。
1階の裏千家鵬雲斎千玄室大宗匠ご命名の茶室「祥雲軒」では、季節の京菓子と薫り豊かなお茶でおもてなし。椅子に座る立礼式なので気軽に体験できる。茶室に続く坪庭は、金閣寺拝領の梅の木や水琴窟が配置されており、「和」の空間と静寂に時を忘れて水が奏でる澄んだ音色を楽しむことができる。
2階の展示室では、職人が熟練の技を駆使して創作した糖芸菓子や、江戸時代の菓子図案帳、菓子模型など、和菓子に関する資料を解説員の簡単な解説を交えて見ることができ、和菓子の歴史について楽しく学ぶことができる。