建築年代など不詳。記録によれば、中世に天満宮と称した時期もあったが、明治6年（1873）村社となり、明治10年（1877）に延喜式内咋岡神社と決定、今の社名にあらためたという。
境内の巨木・スダジイは、平成3年（1991）に「京都の自然200選」に指定された。